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AMPLIFY_120M

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AMPLIFY is an efficient, state-of-the-art protein language model pre-trained using masked language modeling on UniRef100, OAS, and SCOP (UR100P). AMPLIFY can generate residue and protein embeddings, suggest mutations, differentiate disordered proteins from non-protein sequences, and much more. AMPLIFY is available in two sizes, 120M and 350M parameters, with the `_base` models not extended beyond 512 residues (Stage 1). The model architecture and pre-training procedure are detailed below. For more details, please refer to the accompanying paper.

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NeoBERT

chandar-lab

NeoBERT is a **next-generation encoder** model for English text representation, pre-trained from scratch on the RefinedWeb dataset. NeoBERT integrates state-of-the-art advancements in architecture, modern data, and optimized pre-training methodologies. It is designed for seamless adoption: it serves as a plug-and-play replacement for existing base models, relies on an **optimal depth-to-width ratio**, and leverages an extended context length of **4,096 tokens**. Despite its compact 250M parameter footprint, it is the most efficient model of its kind and achieves **state-of-the-art results** on the massive MTEB benchmark, outperforming BERT large, RoBERTa large, NomicBERT, and ModernBERT under identical fine-tuning conditions. - Paper: paper - Repository: github. If you would like to use sequence packing (un-padding), you will need to also install flash-attention:

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